1 核酸定量分析： 對傳染性疾病進行定量定性分析，病原微生物或病毒含量的檢測 , 比如近期流行的甲型H1N1流感， 轉基因動植物基因拷貝數的檢測，RNAi 基因失活率的檢測等。 

 

2 基因表達差異分析：比較經過不同處理樣本之間特定基因的表達差異 ( 如藥物處理、物理處理、化學處理等 ) ，特定基因在不同時相的表達差異以及cDNA芯片或差顯結果的確證。

 

3 SNP 檢測：檢測單核苷酸多態性對于研究個體對不同疾病的易感性或者個體對特定藥物的不同反應有著重要的意義，因分子信標結構的巧妙性，一旦SNP 的序列信息是已知的，采用這種技術進行高通量的 SNP 檢測將會變得簡單而準確。 

 

4 甲基化檢測：甲基化同人類的許多疾病有關，特別是癌癥， Laird 報道了一種稱作 Methylight的技術，在擴增之前先處理 DNA ，使得未甲基化的胞嘧啶變成尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶不受影響，用特異性的引物和 Taqman探針來區分甲基化和非甲基化的 DNA ，這種方法不僅方便而且靈敏度更高。